国家卫生健康委员会（原卫生部）和人力资源和社会保障部。
1、国家卫生健康委员会（原卫生部）
国家卫生健康委员会是负责全国医疗卫生工作的国家级行政机构，其下属的执业医师资格考试办公室负责组织和管理全国范围内的医师资格考试工作，心理咨询师作为一种专业职业，同样需要经过严格的培训和考核，获得相应的资格证书，国家卫生健康委员会也是颁发心理咨询师证书的主要机构之一。
2、人力资源和社会保障部
人力资源和社会保障部主要负责全国人力资源和社会保障方面的管理工作，包括职业资格认证、职业技能鉴定等，心理咨询师作为一门专业技能，其证书的发放也需要由人力资源和社会保障部门来负责，不过，由于心理咨询师证书的特殊性，可能涉及到更多的专业领域和技术要求，因此在具体操作上可能会有所不同。
从证书的认可度和权威性来看，国家卫生健康委员会颁发的证书在全国范围内具有较高的认可度，因为其颁发的证书与医疗行业的资格认证标准相一致，而人力资源和社会保障部颁发的证书则在更广泛的范围内具有影响力，尤其是在一些地方性政策和法规中。
不同地区对于心理咨询师证书的发放机构可能存在差异，在一些地方，可能由当地的卫生行政部门或者人力资源和社会保障局来负责心理咨询师证书的发放，这些机构在本地区具有一定的权威性和影响力，能够更好地满足当地社会的需求。
在选择心理咨询师证书的发放机构时，建议考虑以下因素：
- 发证机构的权威性和专业性：选择具有较高权威性和专业性的机构，以确保证书的含金量和认可度。
- 发证机构的服务范围和便利性：考虑发证机构的服务范围是否覆盖自己的业务需求，以及办理流程是否便捷。
- 发证机构的政策支持和扶持力度：了解发证机构在当地的政策支持和扶持力度，以便为自己的事业发展提供更好的支持。
选择心理咨询师证书的发放机构时，应综合考虑发证机构的权威性、专业性、服务范围、便利性和政策支持等因素，以做出明智的选择。
